Địa bàn phường Tịnh Biên trước đây là một thị trấn huyện lỵ, vốn là xã Xuân Tô thuộc huyện Tịnh Biên.

Ngày 12 tháng 4 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 52/2005/NĐ-CP[1]. Theo đó, thành lập thị trấn Tịnh Biên trên cơ sở toàn bộ 1.938 ha diện tích tự nhiên và 12.850 người của xã Xuân Tô. Tuy nhiên, huyện lỵ huyện Tịnh Biên lúc này vẫn đặt tại thị trấn Nhà Bàng.

Ngày 19 tháng 3 năm 2012, Bộ Xây dựng ban hành Quyết định số 256/QĐ-BXD về việc công nhận thị trấn Tịnh Biên là đô thị loại IV[4]. Từ tháng 4 năm 2012, thị trấn Tịnh Biên trở thành huyện lỵ huyện Tịnh Biên.[5]

Ngày 13 tháng 2 năm 2023, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 721/NQ-UBTVQH15 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 10 tháng 4 năm 2023).[2] Theo đó, thành lập thị xã Tịnh Biên và thành lập phường Tịnh Biên thuộc thị xã Tịnh Biên trên cơ sở toàn bộ 21,78 km² diện tích tự nhiên, 16.971 người của thị trấn Tịnh Biên.